World Gastroenterology Organisation Global Guidelines
Février 2017
Review Team
Francisco Guarner (Chair, Espagne)
Mary Ellen Sanders (Co-Chair, Etats-Unis)
Rami Eliakim (Israël)
Richard Fedorak (Canada)
Alfred Gangl (Autriche)
James Garisch (Afrique du Sud)
Pedro Kaufmann (Uruguay)
Tarkan Karakan (République turque)
Aamir G. Khan (Pakistan)
Nayoung Kim (Corée du Sud)
Juan Andrés De Paula (Argentine)
Balakrishnan Ramakrishna (Inde)
Fergus Shanahan (Irlande)
Hania Szajewska (Pologne)
Alan Thomson (Canada)
Anton Le Mair (Pays Bas)
Jean-Jacques Gonvers (Suisse)
Invités
Dan Merenstein (Etats-Unis)
Seppo Salminen (Finlande)
(Cliquez pour agrandir la section)
Il y a plus d’un siècle, Elie Metchnikoff (scientifique russe, lauréat du Nobel et professeur à l’Institut Pasteur à Paris) a postulé que les bactéries produisant de l’acide lactique (LAB) offraient des bénéfices pour la santé conduisant à une plus grande longévité. Il a suggéré que “l’auto intoxication intestinale” et le vieillissement qui en résultait pouvait être supprimé en modifiant la flore microbienne de l’intestin et en remplaçant les microbes protéolytiques—qui produisent des substances toxiques comme les phénols, les indoles et l’ammonium à partir des protéines de la digestion—par des microbes utiles. Il développa un régime alimentaire à base de lait fermenté par une bactérie qu’il appela “Bacille bulgare.”
D’autres développements de ce concept se sont suivis. Les troubles du tractus intestinal étaient fréquemment traités par des bactéries viables non pathogènes pour modifier ou remplacer la flore microbienne intestinale. En 1917, avant la découverte de la pénicilline par Sir Alexander Fleming, le scientifique allemand Alfred Nissle isola une souche non pathogène d’Escherichia coli à partir des selles d’un soldat de la première Guerre mondiale qui n’avait pas développé l’entérocolite lors d’une épidémie sévère de shigellose. La souche d’Escherichia coli isolé par Nissle en 1917 est un des rares exemples de probiotique qui ne soit pas une bactérie lactique.
Henry Tissier (de l’Institut Pasteur) isola un Bifidobacterium à partir d’un enfant nourri au sein avec l’intention de l’administrer aux enfants souffrant de diarrhée. Il a postulé que la bifidobactérie remplacerait la bactérie protéolytique qui cause la diarrhée. Au Japon, le Dr Minoru Shirota isola la souche Lactobacillus casei Shirota afin de l’utiliser pour combattre les épidémies de diarrhée et un produit probiotique utilisant cette souche a été commercialisé depuis 1935.
Ceux-ci étaient des prédécesseurs précoces dans un domaine scientifique qui s’est épanoui par la suite. A nos jours, une recherche d’études cliniques sur les humains sur PubMed révèle que >1500 études sur les probiotiques ont été publiées ainsi que près de 350 sur les prébiotiques. Ces études sont hétérogènes quant aux souches utilisées, aux prébiotiques testés et aux populations étudiées mais les preuves ainsi accumulées confirment l’hypothèse que les bienfaits sont mesurables dans beaucoup de contextes différents.
Les probiotiques sont des microorganismes vivants pour lesquels un bénéfice pour la santé de l’hôte a été démontré lors de leur administration en doses adéquates [1] (Tableau 1). Les espèces de Lactobacillus (Fig. 1) et de Bifidobacterium sont les plus communément utilisées comme probiotiques, mais la levure Saccharomyces boulardii et quelques espèces de E. coli et de Bacillus sont également utilisées. Parmi les nouveaux venus, on peut également compter le Clostridium butyricum, récemment autorisé comme aliment nouveau par l’Union européenne. Les bactéries lactiques, y compris des espèces de Lactobacillus, utilisées pour la conservation de la nourriture par fermentation depuis des milliers d’années, peuvent jouer un double rôle comme agents de la fermentation alimentaire et potentiellement comme agents bénéfiques pour la santé. Stricto sensu, cependant, le terme “probiotique” devrait être réservé aux microbes vivants pour lesquels un bénéfice pour la santé a été démontré dans des études contrôlées chez les humains. La fermentation concerne globalement la préservation d’un vaste ensemble de produits agricoles (céréales, racines, tubercules, fruits, légumes, lait, viande, poissons, etc.).
Le concept des prébiotiques est plus récent que celui des probiotiques et a été proposé pour la première fois en 1995 par Gibson et Roberfroid [2]. Les aspects clés d’un prébiotique consistent dans le fait qu’il n’est pas facile à assimiler par l’hôte et qu’il confère un effet bénéfique sur la santé de l’individu en ayant une influence positive sur les microbes bénéfiques natifs. L’administration ou l’utilisation de prébiotiques ou de probiotiques vise à influencer l’environnement intestinal, lui-même dominé par des billions de microbes commensaux, afin de permettre d’améliorer la santé chez les humains. Un bénéfice pour la santé qui s’étend en dehors du contexte digestif a été démontré pour les probiotiques et pour les prébiotiques, mais ce guideline se limite uniquement aux effets sur l’intestin.
Les prébiotiques sont des substances alimentaires (consistant surtout en polysaccharides, à l’exclusion de l’amidon, et en oligosaccharides). La plupart des prébiotiques sont utilisés comme ingrédients alimentaires—dans les biscuits, les céréales, le chocolat, la pâte à tartiner et les produits laitiers, par exemple. Les prébiotiques les plus communs sont:
Le lactulose est un disaccharide de synthèse utilisé comme médicament dans le traitement de la constipation et de l’encéphalopathie hépatique. L’oligofructose prébiotique se trouve naturellement dans de nombreux aliments tels le blé, les oignons, les bananes, le miel, l’ail et les poireaux. Il peut aussi être isolé à partir de la racine de la chicorée ou être synthétisé par des enzymes à partir du sucrose.
La fermentation de l’oligofructose dans le côlon génère un grand nombre d’effets physiologiques qui incluent:
Il a été supposé que l’accroissement des bifidobactéries dans le côlon était bénéfique pour la santé par la production de composés qui inhibent des agents pathogènes potentiels en diminuant la teneur du sang en ammoniaque et en produisant des vitamines et des enzymes digestifs.
Les synbiotiques sont des combinaisons appropriées de prébiotiques et de probiotiques. Un produit synbiotique exerce un effet pré- et probiotique.
Une souche probiotique est identifiée par son genre, son espèce, sa sous-espèce (s’il y a lieu) et par des caractères alphanumériques qui permet d’identifier sa souche spécifique. Dans la communauté scientifique, il existe une nomenclature reconnue et acceptée pour les micro-organismes—par exemple, Lactobacillus casei DN-114 001 ou Lactobacillus rhamnosus GG. Il n’existe pas de réglementation par la communauté scientifique en ce qui concerne le marketing et les noms commerciaux. En accord avec les guidelines de la WHO/FAO (http://www.fao.org/3/a-a0512e.pdf), les fabricants de probiotique sont tenus d’enregistrer leurs souches dans un registre international. Une désignation supplémentaire des souches est conférée par les dépositaires eux-mêmes. Le tableau 2 montre quelques exemples de souches commercialisées et les noms commerciaux qui y sont associés.
Il est important de désigner les différentes souches de probiotiques car l’approche la plus robuste en ce qui concerne l’évidence est d’associer les effets bénéfiques (tels que sur les cibles spécifiques sur le point de vue gastro-intestinal décrits dans ce guideline) aux souches spécifiques ou aux différentes combinaisons de souches de probiotiques à la dose efficace.
Recommander l’usage de probiotiques, en particulier en milieu clinique, devrait consister à établir une relation entre des souches spécifiques et les bénéfices rapportés par des études humaines. Certaines souches ont des propriétés uniques qui sont responsables de certaines de leurs activités neurologiques, immunologiques et antimicrobiennes. Il est cependant apparu récemment dans le domaine des probiotiques qu’il faut reconnaître que certains des mécanismes de l’activité probiotique sont probablement partagés entre les différentes souches, espèces ou même genres. Beaucoup de probiotiques peuvent agir d’une manière similaire en ce qui concerne leurs capacité de favoriser la résistance à la colonisation, de régulariser le transit intestinal ou de normaliser un microbiote perturbé. Par exemple, il se peut que plusieurs souches différentes de probiotiques puissent contribuer à améliorer la production d’acides gras à chaîne courte ou à diminuer le pH luminal dans le côlon. Certains effets bénéfiques des probiotiques peuvent ainsi être fournis par plusieurs souches d’une espèce bien étudiée comme le Lactobacillus et le Bifidobacterium. Si on considère que le but de la consommation de probiotiques est de favoriser la santé intestinale, il se peut que beaucoup de différentes préparations probiotiques contenant un nombre suffisant d’espèces bien étudiées suffisent.
Il est maintenant courant dans le domaine des probiotiques que les études systématiques et les méta-analyses étudient de multiples souches. Une telle approche est valable si les mécanismes d’action partagés par les différentes souches étudiées démontrent que celles-ci soient effectivement responsables de l’effet bénéfique décrit.
La fonction des probiotiques et des prébiotiques sont entremêlées avec les microbes qui colonisent l’intestin chez les humains. Les prébiotiques servent de source alimentaire pour les microbes intestinaux commensaux bénéfiques et favorisent ainsi la santé. L’intermodulation entre les probiotiques et les cellules hôtes ou entre les probiotiques et les microbes locaux peut constituer un élément clé pour influencer la santé de l’hôte.
L’intestin contient un microbiote extrêmement important, situé surtout dans le côlon et contenant plusieurs centaines d’espèces de bactéries (Tableau 3). Il est estimé que plus de 40 billions de bactéries se trouvent dans le côlon d’un adulte humain (y compris une petite proportion d’archaea (microorganisme unicellulaire procaryote) de < 1%). Des champignons et des protistes (microorganisme unicellulaire caractérisé par la présence d’un ou plusieurs noyaux) s’y trouvent également, mais dans une proportion moindre en termes de nombre de cellules, tandis que les virus et les phages peuvent s’avérer plus nombreux que les cellules bactériennes. En tout, les microbes intestinaux fournissent en moyenne 600'000 gènes par être humain.
Au niveau des espèces et des souches, la diversité microbienne entre individus est très étonnante: chaque individu héberge sa propre composition bactérienne, déterminée en partie par le génotype de l’hôte, par la colonisation initiale à la naissance par une transmission verticale et par ses propres habitudes alimentaires.
Chez l’adulte en bonne santé, la composition fécale reste stable au cours du temps. Dans l’écosystème de l’intestin humain, deux groupes bactériens dominent—les Bacteroidetes et les Firmicutes—qui représentent > 90% des microbes, les autres étant représentés par les Actinobacteria, les Proteobacteria, les Verrucomicrobia et les Fusobacteria.
L’interaction normale entre les bactéries de l’intestin et leur hôte est une relation de symbiose. Une influence importante des bactéries intestinales sur la fonction immunitaire est suggérée par un grand nombre de structures lymphoïdes organisées dans la muqueuse de l’intestin grêle (plaques de Peyer) et dans celle du gros intestin (follicules lymphoïdes isolés). Leur épithélium est spécialisé dans l’absorption et l’échantillonnage des antigènes et elles contiennent des centres lymphoïdes germinatifs pour l’induction de réponses immunitaires adaptées. Dans le côlon, les microorganismes peuvent proliférer par fermentation de substrats disponibles à partir des résidus alimentaires ou des sécrétions endogènes et ainsi contribuer à la nutrition de l’hôte.
Plusieurs études ont démontré des différences entre les populations de microbes colonisateurs chez les individus sains et chez ceux qui sont malades ou qui ne jouissent pas d’une bonne santé. Les chercheurs ne sont cependant pas en mesure de définir avec exactitude la composition du microbiote humain sain. Certaines bactéries commensales (telles le Roseburia, l’Akkermansia, le Bifidobacterium, et le Faecalibacterium prausnitzii) semblent plutôt être associées à un bon état de santé, mais les recherches sont actuellement en cours afin de déterminer si une supplémentation avec ces bactéries peut contribuer à améliorer la santé ou même inverser le cours d’une maladie.
Les prébiotiques influencent les bactéries intestinales en augmentant le nombre de bactéries anaérobes bénéfiques et en diminuant la population des microorganismes potentiellement pathogènes. Les probiotiques affectent l’écosystème intestinal en stimulant les mécanismes immunitaires muqueux, par une interaction avec des microbes commensaux ou potentiellement pathogènes, en produisant des produits métaboliques tels les acides gras à chaîne courte et en communiquant avec les cellules hôtes par des signaux chimiques (Fig. 2; Tableau 4). Ces mécanismes peuvent induire un antagonisme envers des pathogènes potentiels, améliorer l’environnement intestinal, renforcer la barrière intestinale, diminuer l’inflammation et renforcer la réponse immune contre la stimulation antigénique. On pense que ces phénomènes induisent la plupart des effets positifs, y compris la réduction de l’incidence et de la sévérité des diarrhées. Il s’agit là de l’utilisation la plus largement reconnue des probiotiques.
Les produits contenant des probiotiques ont connu un succès important dans de nombreuses régions du monde. Toute une gamme de produits—allant des produits alimentaires conventionnels jusqu’aux médicaments délivrés sur ordonnance—est disponible dans le commerce (Tableau 5).
Les affirmations sur le bénéfice apporté par les probiotiques varient selon le degré de contrôle réglementaire propre à la région concernée. Le plus souvent, les probiotiques et les prébiotiques sont commercialisés en tant qu’aliments ou comme des suppléments alimentaires. Typiquement, il est interdit qu’ils portent une mention d’une maladie quelconque, les affirmations sont plutôt d’ordre général et les produits visent une population généralement saine. “Produits de santé naturels” représentent une catégorie spécifique de produits au Canada où les autorités réglementaires approuvent les demandes d’autorisation et où l’utilisation de tels produits pour traiter les maladies est autorisée.
Du point de vue scientifique, l’étiquetage des produits probiotiques devrait comprendre les éléments:
En 2013, le marché global pour les probiotiques a été estimé à US $32.06 milliards, selon le 2015 « Grand View Research report ». Se retrouver dans la multitude d’aliments, de suppléments alimentaires et de produits pharmaceutiques disponibles sur le marché n’est pas chose facile et le Tableau 6 tente de donner quelques éclaircissements.
La qualité des produits probiotiques repose sur le fabricant concerné. Comme la plupart des produits ne sont pas fabriqués selon les normes pharmaceutiques, les autorités de surveillance ne peuvent surveiller l’adhérence aux normes de qualité. Les facteurs qui sont spécifiquement importants en ce qui concerne la qualité des produits probiotiques sont, entre autres, le maintien de la viabilité (telle qu’indiquée par le nombre d’unités formant des colonies (CFO/UFC) jusqu’à la fin de la durée de conservation et une utilisation correcte de la nomenclature actuelle en ce qui concerne le genre, l’espèce et la souche de chaque organisme contenu dans le produit.
Les doses de probiotiques nécessaires varient considérablement selon la souche et le produit. Bien que beaucoup de produits vendus sans ordonnance contiennent 1–10 milliards de CFU/UFC par dose, certains se sont révélés efficaces à des doses plus basses, alors que d’autres en nécessitent des plus élevées. Il n’est pas possible d’établir en général la dose nécessaire pour tous les probiotiques ; la dose nécessaire devrait s’appuyer sur des études sur l’humain démontrant un bénéfice pour la santé.
Comme les probiotiques sont des organismes vivants, ils sont susceptibles d’extinction pendant le temps de stockage. Les fabricants responsables intègrent un petit surplus afin qu’à la fin de la durée de conservation du produit, celui-ci ne tombe pas en-dessous du degré de puissance mentionné sur l’étiquetage. Les souches de probiotiques produisant des spores, bien que moins bien étudiées que d’autres, ont l’avantage d’être plus résistantes au stress environnemental pendant leur durée de conservation. Il a été démontré dans certains cas que des produits probiotiques actuellement sur le marché ne respectent plus les allégations mentionnées sur les étiquettes en ce qui concerne le nombre et les types de microbes viables contenus dans le produit.
Note: Il serait peut-être nécessaire de préciser une plage spécifique de CFU/UFC admissible afin de minimiser les risques de toxicité ainsi que les risques de perte d’efficacité entre le moment de la fabrication et la fin de leur durée de conservation [3,4].
La plupart des probiotiques utilisés actuellement sont produits à partir d’aliments fermentés ou à partir des microbes qui se trouvent dans l’intestin humain sain et ont été utilisés déjà depuis des décennies. Sur la base de la prévalence de lactobacilles dans une nourriture fermentée, du fait qu’il s’agit de colonisateurs normaux du corps humain et sur la base du faible niveau d’infections qui leur est attribué, leur potentiel pathogène est jugé très bas par les experts dans le domaine. L’espèce Bifidobacterium jouit d’un niveau de sécurité similaire. La plupart des produits probiotiques sont destinés à une population généralement saine. Chez les personnes avec une fonction immunitaire compromise ou souffrant d’une maladie grave l’utilisation de probiotiques devrait être limitée aux souches et aux indications dont l’efficacité a été prouvée (cf section 4). Les normes de qualité microbiologiques devraient répondre aux besoins des patients à risque, comme décrit par Sanders et al. [4]. Les essais ou l’utilisation de nouveaux probiotiques dans de nouvelles indications n’est acceptable qu’après avoir été approuvé par des comités d’éthique indépendants. Les bactéries lactiques traditionnelles, depuis longtemps associées à la fermentation alimentaire, sont en général considérées comme étant sans danger en consommation orale lorsqu’elles font partie d’aliments et de suppléments chez une population en bonne santé et au dosage habituel.
Les aperçus actuels concernant les applications cliniques pour les différents probiotiques et prébiotiques dans le domaine de la gastro-entérologie sont résumés ci-après. Les recommandations spécifiques pour les différentes indications se basent sur des niveaux de preuves (Tableau 7) et sont résumées dans les tableaux 8 et 9.
3.2.1 Traitement de la diarrhée aiguë
3.2.2 Prévention de la diarrhée aiguë
3.2.3 Prévention de la diarrhée associée aux antibiotiques
3.2.4 Prévention de la diarrhée à Clostridium difficile
3.2.5 Prévention de la diarrhée induite par les radiations
3.6.1 Pouchite
3.6.2 Colite ulcéreuse
3.6.3 Maladie de Crohn
Bien qu’il ne soit pas du ressort de ce guideline, il serait peut-être utile de noter qu’il a été démontré que les probiotiques et les prébiotiques se sont montrés efficaces dans plusieurs situations cliniques en dehors du domaine des maladies gastro-intestinales. De nouvelles données suggèrent que le microbiote intestinal peut exercer un effet sur plusieurs maladies non gastro-intestinales, démontrant ainsi un lien entre ces maladies et le tube digestif. De nombreuses études ont démontré que les probiotiques peuvent améliorer la vaginite bactérienne, prévenir la dermatite atopique chez les enfants, diminuer les pathogènes oraux et les caries dentaires, ainsi que diminuer l’incidence et la durée des infections des voies respiratoires supérieures courantes. Le bénéfice net de l’utilisation des probiotiques durant la période périnatale afin de prévenir des maladies allergiques a incité le World Allergy Organization à recommander l’utilisation de probiotiques pendant la grossesse, la période d’allaitement et la période de sevrage dans les familles avec un risque élevé de développer une maladie allergique. Les probiotiques et les prébiotiques sont également actuellement en train d’être évalués pour la prévention de certaines manifestations du syndrome métabolique, y compris l’obésité, le diabète de type 2 et la dyslipidémie.
Les tableaux 8 et 9 résument un certain nombre d’affections gastro-intestinales pour lesquelles il existe une évidence, provenant d’au moins un essai clinique bien conçu, que l’administration orale d’une souche probiotique spécifique ou d’un prébiotique s’est révélée efficace. Le but de ces tableaux est d’informer le lecteur sur l’existence d’études qui soutiennent l’efficacité et la sécurité des produits mentionnés, certains autres produits sur le marché n’ayant pas été soumis à évaluation.
Il est possible que la liste ne soit pas complète étant donné que la publication de nouvelles études est en voie de publication. Le niveau d’évidence peut varier entre les différentes indications. Les dosages mentionnés sont ceux utilisés dans les études randomisées contrôlées. L’ordre dans la liste des produits est aléatoire.
L’évidence des études comparatives est actuellement insuffisante pour pouvoir classer les produits selon leur efficacité. Les tableaux ne comportent pas de degré de recommendation, mais uniquement les niveaux d’évidence selon les critères de l’Oxford Centre for Evidence-Based Medicine (Tableau 7). Les recommandations émises par des associations médicales font également partie de la liste.
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